מכונת גז כרומתוגרפי מכילה מספר חלקים. כמות קטנה של גז המוכל בפזה נעה – בדרך כלל הליום, מימן, או חנקן - בקני מידה של מיקרוליטרים נכנסת למכונה, ולתוך עמודת הכרומטוגרפיה. בתוך עמודת הכרומטוגרפיה, הפזה הנעה והחומר לבדיקה נסחפים לחום גבוה ולפאזה הנייחת. הפאזה הנייחת מעטה את כל חלק מהחומר ומפרידה אותם על ידי הבדלים בהשפעה של הפאזה הנייחת. החומרים השונים נמדדים אחד אחרי השני על ידי זרם חשמלי
